Бывает что при обмене вы выполняете какие-либо кастомизации, но событие OnAfterIBlockElementUpdate срабатывает не всегда.
Это происходит так как товар приходит без изменений. Что бы событие выполнилось вам необходимо зайти в Магазин -> Настройки -> Интеграция с 1С и снять галочку Использовать контрольные суммы элементов для оптимизации обновления каталога.